W tym artykule omówimy najlepsze bezpłatne oprogramowanie do modelowania molekularnego na komputer z ^{(Molecular Modeling software)}systemem Windows 10^{(Windows 10)} . Korzystając z tych darmowych programów, możesz tworzyć modele różnych prostych i złożonych związków chemicznych. Ta kolekcja oprogramowania jest pomocna dla studentów bioinformatyki, inżynierii chemicznej itp. Możesz dodać różne pierwiastki z układu okresowego^{(Periodic Table)} , aby utworzyć związek chemiczny. Co więcej, w tym oprogramowaniu możesz również przeglądać związek chemiczny w różnych stylach, takich jak szkielet, kula i kij, rury, kula i cylinder^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} i wiele innych.

Oprogramowanie do modelowania^(Modeling) molekularnego dla systemu Windows 10^{(Windows 10)}

Niektóre z tych programów zawierają również różne grupy chemiczne i struktury dla Twojej wygody. Po prostu^(Simply) je wybierz, a Twój model chemiczny jest gotowy. Przykładami grup chemicznych są  alkohole, benzen, aldehydy, aminokwasy^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} itp. Oprócz tego można również wykonywać obliczenia chemiczne, takie jak  energia, długość wiązania^{(energy, bond length)} itp.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Projektant Ascalaph

Przyjrzyjmy się im.

1] Avogadro

 Avogadro  to doskonałe darmowe oprogramowanie do modelowania molekularnego, które ma wiele funkcji. Jego przyjazny dla użytkownika interfejs sprawia, że ​​jest łatwy do zrozumienia dla użytkowników. Po uruchomieniu oprogramowania zobaczysz czarny ekran i panel po lewej stronie. Dostęp do niektórych często używanych elementów można uzyskać z „ menu rozwijanego^{(drop-down menu)} ” na lewym panelu. Jeśli chcesz uzyskać dostęp do wszystkich elementów, po prostu kliknij „ inne^(other) ” w menu rozwijanym, a oprogramowanie uruchomi układ okresowy^{(Periodic Table)} . Element, który wybierzesz z Układu Okresowego^{(Periodic Table)} będzie dostępny na liście rozwijanej.

Kroki, aby narysować związek chemiczny:

1. Wybierz^(Select) element z rozwijanego menu na lewym panelu i kliknij czarny ekran, aby go dodać.
2. Teraz wybierz inny element z rozwijanego menu.
3. Naciśnij i przytrzymaj lewy przycisk myszy i przeciągnij go do pierwszego elementu, aby połączyć go wiązaniem chemicznym. Możesz również wybrać rodzaj wiązania chemicznego, pojedyncze, podwójne lub potrójne.

Na pasku narzędzi oprogramowania znajdują się różne przyciski:

• Narzędzie do rysowania^{(Draw tool)} : pozwala narysować różne związki molekularne.
• Narzędzie nawigacyjne^{(Navigation tool)} : Za jego pomocą możesz przesuwać, obracać, powiększać i pomniejszać model molekularny.
• Narzędzie do manipulacji wiązaniem centralnym^{(Bond centric manipulation tool)} : Wybierz to narzędzie i kliknij dowolne wiązanie, aby wyświetlić kąt.
• Narzędzie do automatycznego obracania^{(Auto rotation tool)} : Wybierz to narzędzie i kliknij przycisk „ Start ”. Teraz naciśnij i przytrzymaj lewy przycisk myszy i przeciągnij go w dowolnym kierunku. Zwolnij lewy przycisk myszy, a model molekularny zacznie się automatycznie obracać.

Jeśli chcesz automatycznie zmienić długość wiązania związków, przejdź do „ Extensions > Optimize Geometry ” lub naciśnij „ Ctrl+Alt+O ”. Aby obliczyć energię, przejdź do „ Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy ”.

Zapisywanie pliku^{(Saving the File)} : możesz zapisać swój projekt w wielu formatach, w tym  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Oprócz tego dostępna jest również opcja eksportu, za pomocą której możesz zapisać swój projekt w  formacie PDF, SVG, BMP, JPG, PNG^{(PDF, SVG, BMP, JPG, PNG)} itp.

2] MoluCAD

MoluCAD  to kolejny darmowy darmowy program do modelowania molekularnego na tej liście. Podobnie jak Avogadro , ma również wiele funkcji. W tym oprogramowaniu można oglądać obok siebie zarówno widoki 2D, jak i 3D. Niektóre powszechnie używane elementy są dostępne w lewym panelu oprogramowania. Aby dodać go do głównej przestrzeni, po prostu kliknij dowolny element. Jeśli element, który chcesz dodać, nie jest tam dostępny, możesz go wybrać z Układu okresowego^{(Periodic Table)} . Aby wyświetlić układ okresowy^{(Periodic Table)} , kliknij prawym przyciskiem myszy czarną przestrzeń i kliknij przycisk „ Dodaj atom^{(Add Atom)} ”.

Kroki, aby narysować związek chemiczny:

1. Kliknij^(Click) dowolny element w lewym panelu, aby go dodać.
2. Kliknij^(Click) inny element, aby go dodać, lub wybierz go z układu okresowego^{(Periodic Table)} .
3. Aby połączyć elementy, przejdź do „ Add > Bonds – Connect Atoms ” i wybierz rodzaj wiązania chemicznego. Teraz kliknij pierwszy atom, a następnie drugi.

Oprócz pierwiastków możesz też dodawać związki. W prawym panelu znajdziesz różne  cząsteczki, aminokwasy, grupy funkcyjne, pojedyncze pary atomów^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} itp. Wybierz dowolną strukturę i przeciągnij ją i upuść do głównej przestrzeni. Możesz obliczyć energię cząsteczek, klikając „ Energy > Evaluate Energy ”.

Korzystając z menu „ Zapytanie^(Query) ”, możesz obliczyć  odległość między dwoma atomami, długość wiązania, kąt wiązania, kąt skręcania, środek masy^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} itp. Strukturę 3D można oglądać w czterech różnych widokach: z  góry, z przodu, z boku i ukośny^{(top, front, side, and oblique)} . Przejdź do „ View > Graphics Mode ”, aby wyświetlić model w różnych formach, takich jak  kula i drążek, wypełnienie przestrzeni, rury^{(ball & stick, space fill, pipes)} i nie tylko.

Zapisywanie pliku^{(Saving the file)} : Możesz zapisać projekt w formacie MCD . Jeśli użyjesz opcji „ Eksportuj^(Export) ” w menu „ Plik^(File) ”, możesz zapisać swój projekt w   formatach JPEG  i  Windows BITMAP .

3] ArgusLab

ArgusLab  to kolejne przyjazne dla użytkownika oprogramowanie do modelowania molekularnego, które zawiera łatwe do zrozumienia funkcje. Za pomocą tego oprogramowania możesz stworzyć strukturę różnych związków chemicznych. W lewym panelu oprogramowania dostępne są trzy zakładki:

• Atomy^(Atoms) : Ta zakładka zawiera różne elementy układu okresowego^{(Periodic Table)} . Po kliknięciu każdego atomu oprogramowanie wyświetla jego geometrię. Kliknij^(Click) przycisk „ Układ okresowy^{(Periodic Table)} ”, aby uruchomić układ okresowy^{(Periodic Table)} .
• Pierścienie^(Rings) : Tutaj otrzymasz różne rodzaje struktur pierścieni chemicznych.
• Aminokwasy^{(Amino Acids)} : Ta zakładka pokazuje różne rodzaje aminokwasów. W tej zakładce dostępny jest również „ Polipeptyd Builder ”.^{(Polypeptide Builder)}

Kroki rysowania związku chemicznego:

1. Kliknij kartę „ Atom ” w lewym panelu, aby dodać element.
2. Wybierz^(Select) dowolny z dostępnych elementów. Jeśli żądanego pierwiastka tam nie ma, możesz wybrać go z „ Układu okresowego^{(Periodic Table)} ”.
3. Kliknij^(Use) prawym przyciskiem myszy, aby umieścić element w przewidzianym miejscu.
4. Wybierz^(Select) inny element. Teraz wybierz ostatni element lewym przyciskiem myszy i umieść drugi element prawym przyciskiem myszy. To połączy dwa elementy i utworzy związek.
5. Aby dodać pierścienie i aminokwasy w przestrzeni, wykonaj te same kroki.

4] Projektant Ascalaph

Ascalaph Designer  to jeszcze jeden dobry darmowy program do modelowania molekularnego. Najlepszą częścią oprogramowania jest to, że nie musisz go instalować na swoim komputerze. Jest dostarczany z plikiem wykonywalnym. Oprogramowanie zostanie pobrane w formacie zip. Po rozpakowaniu znajdziesz plik wykonywalny w folderze „ bin ”.

Kroki, aby narysować związek chemiczny:

1. Naciśnij „ Ctrl+N ”, aby rozpocząć nowy projekt.
2. Aby dodać elementy, musisz otworzyć Układ okresowy^{(Periodic Table)} . W tym celu przejdź do „ Build > Free Drawing ”.
3. Wybierz^(Select) dowolny element i umieść go w przestrzeni, naciskając klawisze „ Ctrl+Shift ”.
4. Umieść kolejny element korzystając z powyższego kroku i przeciągnij go do ostatniego elementu, aby połączyć je wiązaniem chemicznym.

Możesz wyświetlić każdy związek w różnych formach, takich jak  piłka i kij, szkielet, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} itp., klikając przyciski na prawym panelu. Po wybraniu dowolnego pierwiastka z układu okresowego^{(Periodic Table)} wyświetla dodatkowe informacje, takie jak  nazwa pierwiastka, hybrydyzacja, kowalencja i siły przyciągania Van Der Waalsa^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Kliknij menu „ Analizuj^(Analyze) ”, aby wykonać różne obliczenia, w tym  energię, temperaturę, ciśnienie, moment dipolowy^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} itp.

Zapisywanie pliku^{(Saving the file)} : Możesz zapisać swój projekt tylko w jego własnych formatach, w tym  mim, hin, xmol ,  mmol, smol  itp. Jest to wadą tego darmowego oprogramowania.

Mamy nadzieję, że ten post okazał się przydatny w projektach szkolnych i uniwersyteckich.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the best free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Najlepsze darmowe oprogramowanie skanera kodów kreskowych dla systemu Windows 10

• Najlepsze darmowe oprogramowanie do symulacji obwodów dla systemu Windows 10

• Najlepsze bezpłatne oprogramowanie pulpitu zdalnego dla systemu Windows 10

• Najlepsze darmowe oprogramowanie do mapowania dronów dla systemu Windows 10

• Najlepsze aplikacje do kamer IP dla komputerów z systemem Windows 10 i telefonów z systemem Android

• Recordit: darmowy rejestrator ekranu GIF dla systemu Windows 10

• Wygraj aktualizację Zatrzymaj: Wyłącz aktualizacje systemu Windows w systemie Windows 10

• Najlepsze oprogramowanie do szyfrowania plików i folderów dla systemu Windows 10

• Balabolka: przenośny darmowy konwerter tekstu na mowę dla systemu Windows 10

• Geek Uninstaller – przenośny dezinstalator typu „wszystko w jednym” dla systemu Windows 10

• Najlepsze darmowe oprogramowanie symulatora Logic Gate dla systemu Windows 10

• Najlepsze bezpłatne oprogramowanie przeglądarki plików DBF dla systemu Windows 10

• Blokuj uruchamianie programów w systemie Windows 10 za pomocą AskAdmin

• Najlepsze darmowe oprogramowanie klienta FTP na komputer z systemem Windows 10

• Oglądaj telewizję cyfrową i słuchaj radia w systemie Windows 10 z ProgDVB

• Konwertuj EPUB na MOBI - Darmowe narzędzia do konwersji dla Windows 10

• Najlepsze darmowe oprogramowanie do rysowania na ekranie na komputerze z systemem Windows 10

• Twórz proste notatki z PeperNote dla Windows 10

• Najlepsze darmowe oprogramowanie Window Manager dla Windows 10

• Najlepsze bezpłatne oprogramowanie do bezpiecznego usuwania dla systemu Windows 10